Историю факультета математики и информатики следует отчитывать с 1932 года. В этом году по решению правительства СССР и правительства Киргизской ССР в городе Фрунзе (Бишкек),  на базе педагогического техникума, было открыто первое в Кыргызстане высшее учебное заведение – Киргизский государственный педагогический институт. В Киргизском пединституте наряду с историко-филологическим и химико-биологическим факультетами, был открыт и физико-математический факультет для подготовки учителей с высшим образованием по математике и физике.

Факультет математики и информатики является правопреемником и продолжателем славных традиций физико-математического факультета, и он является сверстником нынешнего Кыргызского Национального университета им. Ж. Баласагына. Факультет с момента создания, в зависимости от веления времени, постоянно преобразовывался и совершенствовался.

В 1966 году физико-математический факультет преобразован в два самостоятельных – физический и механико-математический факультеты.

В 1986 году  на базе кафедры «прикладной математики»механико-математического факультета  образован новый факультет  Информатики, прикладной математики и компьютерных технологий.

В 1996 году на базе вышеназванных  факультетов  создан факультет математики и прикладной математики.

В 1998 году, с целью улучшения традиционного университетского образования, обеспечения более высокого качества подготовки специалистов в области естественных наук факультет математики и прикладной математики был преобразован в факультет  математики, информатики и кибернетики.

В 2017 году в связи с изменением структуры факультета «Математики, информатики и кибернетики» факультет переименованв факультет «Математики и информатики».

Первым деканом физико-математического факультета стал И.И.Еникеев, затем Ж.Ю.Юсупов и долгие годы факультетом возглавлял кандидат физико-математических наук Г.А.Сухомлинов.

С 1954 года до 1966 года деканами факультета были Д.Ж.Юсупов, Р.У.Усубакунов.

С 1966 года деканами механико-математического факультета были: П.И.Денисов, В.Д.Федоров, С.С.Сыдыков, Э.Д.Дуйшеев и К.К.Какишов.

C 1986 года в разные периоды деканами факультета Информатики, прикладной математики и компьютерных технологий, были: В.А.Сидристый, Э.Д.Дуйшеев, С.Т.Раманкулов, М.О.Шайымкулов, К.К.Какишов.

С 1986 года деканами механико-математического факультета были В.Д.Федоров, Н.А.Аркабаев, А.А.Борубаев, К.И.Ишмахаметов и А.Саадабаев.

С 1996 года деканом факультета математики и прикладной математики был А.Саадабаев

С 1998 деканом факультета «Математики, информатики и кибернетики»  был А.А.Чекеев

С 2016 деканом факультета «Математики и информатики»  был Темиров Б.К. 

В 2019 году деканом факультета избран к.ф.-м.н, профессор Усенов Изат Абдраевич

У истоков факультета стояли такие известные ученые как профессор Г.А. Сухомлинов, распространивший теорему Банаха на комплексный случай. Профессор, член-корр. АН Кыргызской ССР Я.В. Быков, под руководством которого была создана, ныне всемирно известная школа по интегро-дифференциальным уравнениям. Большое влияние на развитие факультета оказал, соратник академика Г.С. Александрова, доктор физико-математических и технических наук, профессор Ф.И. Франкль, возглавлявший кафедрой теоретической механики с 1951 по 1960 года. Им в годы работы в Киргизии подготовлено 18 кандидатов физико-математических и технических наук.

Одним из основных этапов развития факультета и математической науки в Кыргызстане связано с именем Я.В. Быкова, который начиная с 1952 года, создал большую научную школу творчески работающих математиков, работы которых посвящены самым различным аспектам теории интегро-дифференциальных и разностных уравнений и их приложениям. Под его научным руководством защитились 40 кандидатов физико-математических наук.  Они М.И. Иманалиев, А.И. Егоров, Кривошеин, В.Д. Федоров, Ю.А. Ведь,  Л.А. Финкель, А. Пратов, Э.Д. Дуйшеев,Темиров Б.К. и т.д.

Следующий этап развития  факультета и  математической науки тесно связан с именем ученого мирового масштаба академика НАН КР и членом-корреспондентом АН СССР (ныне - РАН)  М.И. Иманалиевым. Научная деятельность М.И. Иманалиева была связана с решением актуальных для математической науки проблем теории дифференциальных и интегро-дифференциальных уравнений и их приложений в различные отрасли науки. Он также был одним из видных организаторов науки и образования Кыргызстана, автором программы базисного курса математики для средних общеобразовательных школ и учебников на кыргызском языке.

М.И. Иманалиев являлся членом Американского математического общества, членом редколлегии журнала «MathematicalReviews». Опубликовал более 300 научных работ, в числе которых 6 фундаментальных монографий. Его научные труды были опубликованы в ведущих научных изданиях в США, России, Франции, Германии и др. Они широко используются на практике, в том числе в космической и военно-технической сферах. Он подготовил более 50 кандидатов наук, более 20 докторов наук, которые успешно трудятся в Кыргызстане, а также в странах ближнего и дальнего зарубежья.

Научное наследие Иманалиева М.И. на факультете продолжают его ученики: д.ф.-м.н., профессор Какишов К.К., д.ф.-м.н., профессор Саадабаев А., д.ф.-м.н., профессор Темиров Б.К., д.ф.-м.н., профессор Иманалиев Т.М., д.ф.-м.н., профессор Кененбаева Г.М., к.ф.-м.н., профессор Раманкулов С.Т., к.ф.-м.н., доцент Ажигулов М.А., к.ф.-м.н., доцент Назаркулова Б.и т.д.

Еще одним важным этапом развития факультета следует считать работу к. ф.-м. н., профессора, заслуженного учителя Киргизской ССР Леонида Евгеньевича Кривошейна.  Он внес существенный вклад в развитие факультета и популяризацию развития математической науки в Кыргызстане.  Его научные труды были опубликованы в ведущих научных изданиях во Франции  и др. Им было подготовлено 12 кандидатов наук.  Его ученики д.ф.-м.н., профессор Бараталиев К.Б., д.ф.-м.н., профессор Омуров Т.Д.,  д.ф.-м.н., профессор Каракеев Т.Т., к.ф.-м.н., профессор Кутанов А.К., к.ф.-м.н., профессор Аманкулов Т.А. продолжая дело своего руководителя,  работают во благо развития образования и науки в  Кыргызстане.

В 1970-ые годы, под влиянием научных идей всемирно известной группы математиков Бурбаки, а также Московской топологической школы академика П.С. Александрова в Кыргызстане под руководством В.Д. Федорова начались исследования в области общей топологии, которые в дальнейшем неразрывно связаны с именем академика НАН КР, доктора физико-математических наук, профессора Алтая АсылкановичаБорубаева. Начиная с аспирантских лет А.А. Борубаев тесно связан с Московской топологической и Грузинской топологической школами и им решены ряд проблем, поставленных академиком П.С. Александрова. В последующем за решение этих проблем А.А. Борубаев был удостоен премии Ленинского комсомола Киргизской ССР. В 1990 году Московском Государственном Университете им. Ломоносова А.А. Борубаевым блестяще защищена докторская диссертация, основой которой послужили построенная им теория абсолютов равномерных пространств и решения проблем американских топологов Исбелла, Банашевского в теории равномерных пространств и проблема А.В. Архангельского в теории топологических групп. Полученные научные результаты А.А. Борубаевым в теории равномерных пространств явились целой вехой в развитии самой теории. Ныне под руководством академика А.А. Борубаева работает научная школа, которая занимается проблемами теории равномерных пространств, равномерно непрерывных отображений и их связями с функциональным анализом и топологической алгеброй. На факультете представителями школы являются д.ф.-м.н., профессор Чекеев А.А., д.ф.-м.н., профессор Канетов Б.Э.,к.ф-м.н., доцент Шалпыков Б.К.,   к.ф-м.н., доцент Рахманкулов Б.З., к.ф-м.н., доцент Абдраимова М.А., к.ф-м.н., доцент Намазова Г. и т.д.

Факультет математики и информатики является школой математиков Кыргызстана, а также факультетом подготовки высококвалифицированных специалистов по направлению «математика», «прикладная математика и информатика» и « прикладная информатика». В республике по проведению фундаментальных и прикладныхнаучных исследований и обучению современных компьютерных технологий факультет занимает одно из ведущих мест.

В данное время на факультете работает профессорско-преподавательский состав способный организовать научно-исследовательский и учебно-воспитательный процесс на высоком современном уровне. В настоящее время на факультете функционируют четыре компьютерных класса, оборудованные последним поколением компьютеров и четыре кафедры: «Математического анализа»,«Дифференциальных уравнений», «Прикладной математики, информатики и компьютерных технологий», «Алгебры, геометрии, топологии и преподавания высшей математики».